Nació en el pueblo de Gidofalva, Hungría, el 8 de junio de 1822, hijo de un oficial de húsares. Después de cursar el Colegio Militar de primeras letras de Kezdy Wásárhely, ingresó a la Academia Militar de Viener-Neustadt, para incorporarse en 1842 al ejército austríaco, en calidad de teniente 1º. Producida la revolución de 1848 contra el gobierno austríaco, Czetz se alistó en las filas patriotas que mandaba Kossouth, siendo uno de los más entusiastas colaboradores, en forma tal que en 1849 ocupaba el cargo de comandante general de Transilvania.
En 1966 se impuso el nombre de Coronel Juan Fernando Czetz, a la calle 196, entre Río Negro y avenida Juan B. Justo La calle que lo recuerda sirve de límite entre los barrios Libertad y Malvinas Argentinas; Jorge Newbery, primero con Coronel Dorrego y desde Alberti con Belisario Roldán y este último con barrio Caribe desde Alvarado a Juan B. Justo.
Pero la traición condujo a la catástrofe de Vilagos y Czetz se vio obligado a emigrar a Alemania, de donde pasó a Inglaterra, no sin haber publicado antes una gramática de la lengua militar húngara para los oficiales alemanes y sus memorias de la campaña en Bem. En Inglaterra permaneció siete años, y en diciembre de 1857, Czetz decidió aceptar una propuesta de unas damas inglesas para acompañarlas a España, llegando para Navidad a Barcelona. Después se trasladó a Sevilla, donde conoció a la familia del general argentino Prudencio Ortiz de Rosas, que se hallaba radicada en aquella ciudad desde hacía un lustro. Czetz se enamoró de una de las hijas de aquel personaje, llamada Basilia, que debía ser más tarde su esposa.
De Sevilla pasaron Czetz y sus acompañantes a Granada, Málaga, Cádiz, Lisboa, Oporto, Vigo y de aquí a Southampthon. En esta ciudad se entrevistó con Juan Manuel de Rosas, para quien llevaba una carta de presentación de su sobrina carnal. Rosas lo acompañó hasta Londres, y después de permanecer un tiempo en Inglaterra, en noviembre de 1858 se puso en viaje para Francia, de donde pasó posteriormente a España. El 12 de marzo de 1859 se celebró en Sevilla su enlace con Basilia Ortiz de Rosas, en la iglesia de San Vicente.
Antes de desposarse, Czetz había convenido con su prometida que él partiría para la guerra que iba a hacer Napoleón III contra Austria a favor de Italia, en la que debía intervenir un cuerpo de ejército húngaro de 30.000 hombres bajo el comando del general Klapka. Este aviso a Czetz a mediados de abril de 1859, que lo esperaba en Génova para organizar y mandar la primera división del cuerpo de ejército, la que sería constituida por los emigrados húngaros y los pasados del ejército austríaco. Czetz se trasladó a Marsella, donde se embarcó con el primer cuerpo del ejército francés, con el cual llegó a Génova. Las batallas de Solferino y San Martino aceleraron el fin de la guerra y la paz de Villafranca, echó completamente por tierra las esperanzas de Czetz, Kossuth, Klapka y otros patriotas húngaros.
Este fracaso convenció a Czetz que no había nada que esperar de los gobiernos extranjeros y tomó la resolución de partir para Sud América, para labrarse una posición a su propia costa. El 15 de julio de 1859 se despidió de sus compañeros de lucha Kossuth, Klapka, Turr, Teleky, etc., y partió para Sevilla, de donde pasó con su esposa y su cuñada Manuela de Rosas, a Lisboa. El 18 de diciembre de 1859 nació allí su primer hijo. En mayo de 1860 se embarcaban en el “Royal Mail” inglés, y en junio llegaban con su esposa y su hijito a Buenos Aires.
En octubre de 1861 Czetz rindió su examen en Buenos Aires para recibir el título de agrimensor, siendo designado por el gobernador Mitre, en 1862, para medir grandes extensiones de campos en el Azul. En 1864 una grave enfermedad condujo a Czetz al borde de la muerte de la que zafó con felicidad, debiendo suspender sus trabajos de agrimensura.
Por influencia del entonces mayor Lucio V. Mansilla, el presidente Mitre, dio de alta a Czetz en el ejército, como jefe de la sección de ingenieros. Empezó a trazar el mapa de la República, en la parte que limita con el Paraguay y el Brasil y estando en esta tarea fue que estalló la guerra de la Triple Alianza. El general Mitre dio a Czetz el grado de coronel el 20 de junio de 1865, junto con la misión de organizar el cuerpo de zapadores, el que fue constituido con un grupo de jóvenes preparados en ingeniería, que sirvieron de oficiales y el segundo del mismo fue el mayor Alejandro Díaz, que marchó con los zapadores a incorporarse al cuerpo de ejército a que pertenecían, quedando Czetz en Buenos Aires a causa de una recaída en su enfermedad. Terminó el mapa que había iniciado y pasando a la plana mayor disponible, aprovechó esta situación, para trasladarse al partido de Rojas a efectuar unas mediciones de campos, para allegarse recursos. Más adelante estudió la construcción del ferrocarril desde Santa Fe a Esperanza, trabajo que realizó en 1867.
Cuando Sarmiento subió a la presidencia, el ministro general Gainza, encomendó a Czetz, en octubre de 1869, el ensanche de las fronteras sur de Córdoba y Santa Fe y oeste de Buenos Aires. Hizo construir el fortín Sarmiento por tropa del batallón 12 de línea, al lado S. del Río V, desde donde siguió Czetz con 6 baqueanos y un destacamento del precitado batallón hacia los Cerrillos del Plata. Prosiguió su camino por la Pampa, al costado norte de la laguna La Amarga, en dirección recta al fortín Acha, extremo oeste de la línea de Buenos Aires. Señaló los puntos por los cuales debían trazarse los límites fronterizos, y terminada su comisión regresó a Buenos Aires para dar cuenta de la misma. El ministro Vélez Sársfield ofreció a Czetz el puesto de director del Ferrocarril Central Norte, pero aquél ya se había comprometido con el general Martín de Gainza para organizar el Colegio Militar En junio de 1870 cumplió Czetz este acto trascendental para nuestra institución armada, consagrándose con una dedicación ejemplar en esta ardua tarea, al extremo que dice en sus Memorias, que en los cuatro años que permaneció al frente de aquel Instituto, solo fue una vez al teatro. Czetz desempeñó la dirección del Colegio hasta mayo de 1874, siendo secundado hábilmente en su obra por el mayor Lucas de Pesloman, oficial distinguido de la escuela francesa de caballería establecida en Saumur. El 24 de aquel mes y año, Czetz entregó la dirección del Colegio a su sucesor.
En 1875 fue designado Presidente del Departamento Topográfico en la provincia de Entre Ríos, cargo que desempeñó hasta 1883, confeccionándose bajo su dirección personal los primeros planos catastrales de los departamentos de aquella provincia, trabajo que fue el primero ejecutado en la República, imitando después las demás provincias. Al mismo tiempo que Czetz atendía su puesto en el Departamento Topográfico, fue profesor de matemáticas en la Escuela Normal de Profesores de Concepción del Uruguay, y desde 1875 formó parte todos los años en las comisiones examinadoras del Colegio Militar, así como también de la Comisión Revisora y Proyectora de nuevos planes de enseñanza para aquel Instituto. En noviembre de 1884 fue por corto tiempo, profesor de Topografía y Dibujo topográfico en la Escuela Naval.
Aquel año fue destinado a la jefatura de la 4ª Sección del Estado Mayor, puesto en el cual permaneció hasta su retiro militar, extendido en diciembre de 1895, pero hecho efectivo en los comienzos del año siguiente. Aquella Sección era la correspondiente a Ingenieros, de cuya arma le fue reconocido a Czetz la efectividad de Coronel el 15 de enero de 1891.
En 1893 propuso al Superior Gobierno el estudio de la Cordillera de los Andes a ejecutarse por los oficiales de la 4ª Sección del E. M. G. Aprobado su plan, el Gobierno destinó 30.000 pesos para la ejecución de la obra, siendo encargados de efectuarla los siguientes oficiales: Juan Serrato, Martín Rodríguez, Arturo Lugones, Raymundo Baigorria, Desiderio Torino, S. Domínguez y Ricardo Pereyra, y el ingeniero Julio Lederer, los que presentaron el mismo año el trabajo terminado.
En 1885 publicó el “Ensayo de Geografía Militar de la República Argentina”, que sirvió de texto en el Colegio Militar y Escuela de Cabos y Sargentos, escribiendo también para el primero un Tratado de Fortificación Permanente y Pasajera y preparó una traducción de la táctica alemana de las tres armas.
El coronel Czetz falleció en Buenos Aires el 6 de setiembre de 1904. Sus restos permanecieron depositados en la bóveda de la familia de Juan Manuel de Rosas hasta 1969, en que, al cumplirse el centenario de la creación del Colegio Militar de la Nación, el 10 de octubre de dicho año, fueron trasladados a la recién inaugurada capilla del Instituto, como homenaje póstumo a quien fuera su primer director #AntesDeSerCalle